Обитель расположена на юго-западной стороне города, на берегу озера Неро, вдоль которого раскинулся весь Ростов. Архитектурный ансамбль Спасо-Иаковлевского монастыря возведен как бы на едином дыхании, на том духовном подъеме, какой переживала древняя обитель в благословенное время обретения чудотворных мощей святителя Димитрия Ростовского. После потрясений конца XVII века, вылившихся в раскол Православной Церкви, после реформ Петра I, открывших Россию для западных тлетворных ветров, обретение мощей святителя Димитрия, первого русского святого Нового времени, чудотворения у только что обретенной святыни вызвали необыкновенный подъем духовных сил во всех слоях общества. Тысячи паломников устремились в Спасо-Иаковлевский монастырь к российскому целебнику и молитвеннику и получали исцеление и помощь в делах житейских по вере своей. В обители молились Государыня Императрица Екатерина II, Императоры Александр I, Николай I, Александр II, Николай II, члены Августейшей Фамилии. Когда-то бедная, обитель святителя Иакова уже в XVIII веке стала одним из богатейших монастырей России. В древности монастырь именовался Зачатьевским — по названию главного и единственного тогда храма, посвященного Зачатию праведной Анною Пресвятой Богородицы. Обитель называли еще и Иаковлевской — по имени святителя Иакова, основавшего монастырь и почившего здесь. В 1765 году к монастырю была приписана древняя обитель Спаса на Песках, с тех пор его стали называть Спасо-Иаковлевским Зачатьевским. С 1765 года монастырь числился ставропигиальным, то есть подчиненным непосредственно Святейшему Синоду. В 1836 году по прошению настоятеля обители архимандрита Иннокентия Синод благословил монастырю именоваться Спасо-Иаковлевским Димитриевым.

Три монастырских храма — Димитриевский, Иаковлевский и соборный Зачатьевский — выстроены в один ряд вдоль восточной стены обители. За ними располагалось монастырское кладбище. Напротив храмов — покои наместника, братские келлии, за стеной монастыря — хозяйственные постройки. С присоединением Спасского монастыря, расположенного за стенами обители, добавился еще один храм — Спасо-Преображенский. В начале XX века в ограде монастыря были освящены новые храмы внутри уже существующих построек: в Иаковлевской церкви (1912) — пещерный храм в честь Воскресения Христова, а в 1916 году — придел в честь Ватопедской иконы Божией Матери. Храм в честь Толгской иконы Божией Матери, домовая церковь отца настоятеля, был устроен в юго-западной башне ограды в 1909 году.

В 1923 году монастырь был закрыт, через пять лет последовало запрещение богослужений во всех храмах. Иноков изгнали, монастырское имущество частично поступило в музей, но большую часть его разграбили или уничтожили. Все последующие годы обитель пребывала в запустении, строения ее разрушались. В 1991 году обитель была возвращена Русской Православной Церкви, а 7 апреля этого года в день Светлого Христова Воскресения и Благовещения в Дмитровском соборе обители состоялась первая служба, возглавляемая игуменом Сильвестром. 16 мая 1991 года решением Священного Синода Высокопреосвященнейший Владыка Платон, Архиепископ Ярославский и Ростовский, назначил наместником монастыря игумена Евстафия (Евдокимова).

27 января 2000 года состоялась хиротония архимандрита Евстафия в епископа Читинского и Забайкальского. Наместником монастыря был назначен насельник обители иеромонах Димитрий (Буров).

По благословению Его Высокопреосвященства, Высокопреосвященнейшего Кирилла, Архиепископа Ярославского и Ростовского, на основании решения Священного Синода Русской Православной Церкви от 7 мая 2003 года наместником Спасо-Иаковлевского Димитриева мужского монастыря г. Ростова назначен иеромонах Серафим (Симонов).

В обители 11 человек братии: архимандрит, 4 иеромонаха, 2 иеродиакона, 5 послушников. Обитель имеет монастырскую библиотеку, ризничную, иконописно-реставрационную мастерскую, швейную мастерскую (для пошива одежды для братии), пекарню, просфорню, столярную мастерскую, мастерскую по ремонту транспорта, гараж. Имеется баня, прачечная. В монастыре ведется натуральное хозяйство: теплица, огород – 1 га, 1,5 га для выращивания картофеля, 20 га сенокоса, 10 га для посева ржи; 10 коров, 20 кур. Для проведения полевых работ в наличии имеется различная сельхоз техника.

Храмы на территории монастыря

Святитель Иаков и основание обители.

Православия ревнитель и раскола искоренитель Святитель Ростовский Димитрий.

Преподобный Авраамий Ростовский.

На территории обители с 2003 года действует Православное Духовное училище.